元承宋制，基本上没有变化。古船第三次的发展高峰出现在明清两代。明代永乐年间是古代航海事业的鼎盛时期，远航船舶的建造需求极大。郑和下西洋的宝船船队是由240多艘海船、27000多名船员组成的联合舰队，是15世纪世界上最庞大的船队。其船队主体船型有宝船、马船、粮船、坐船和战船等五种。作为旗舰的宝船长达148米，宽57米，长宽比达到2.466，设9桅，张12帆。据相关研究人员推算，按照造船原理和木帆船营造法式推算，一艘宝船的排水量达到22848吨，载重量能够达到9824.64吨，甲板面积约相当于一个足球场大小。可想而知，当时郑和船队浩浩荡荡行驶路过我们普陀小干岛附近的崎头洋时，有多么蔚为壮观，一定会有人发出“体势巍然，巨无与敌”之类的感慨。
值得一提的是，郑和的宝船船队里的粮船一般都是古代四大船型之一的“浙船”，其中最具有代表性的就是我们普陀人耳熟能详的“绿眉毛”船。这种船有着尖圆底，艏艉饰有民俗彩绘，船头如鸟首，源于河姆渡先民对鸟图腾的崇拜，因舷前部龙眼上方有一条绿色船眉故名。“绿眉毛船”自宋代成形，成熟于明清时代，曾经在舟、甬、温、台等海域的洋面上纵横驰骋了数百年，一直作为运输和捕捞的主要船型。但是随着机帆船的诞生，逐步退出了历史舞台，如今只有我们舟山的船匠用制作仿古船只和制造船模的方式将它的身影留了下来。令人振奋的是，2008年6月，“舟山传统木船制作技艺”被列入第二批国家级非物质文化遗产名录，申报地是我们普陀。
